Citing

This page describes how to cite ImageJ and related projects.

For information on who contributes to these projects, see Contributors.
For information on who maintains these projects, see Governance.
For information on how these projects are funded, see Funding.

Guidelines

We ask users to cite:

Any specific publications of plugins used.
The general paper of ImageJ flavor(s) used; e.g.:
- If you used Fiji, cite the Fiji paper.
- If you used ImageJ2, cite the ImageJ2 paper.
- If you used the original ImageJ, cite the ImageJ paper.

If journal reference limits interfere, the plugin-specific publications should take precedence.

In general, please cite these projects—their long-term future depends on it!

Thank you for your support.

ImageJ and variants

ImageJ

doi:10.1038/nmeth.2089

ImageJ2

doi:10.1186/s12859-017-1934-z

Fiji

doi:10.1038/nmeth.2019

Supporting libraries

ImgLib2

doi:10.1093/bioinformatics/bts543

SciJava Common

Rueden, C., Schindelin, J., Hiner, M. & Eliceiri, K. (2021). SciJava Common [Software]. https://scijava.org/.

SCIFIO

doi:10.1186/s12859-016-1383-0

ImageJ Ops

Rueden, C., Dietz, C., Horn, M., Schindelin, J., Northan, B., Berthold, M. & Eliceiri, K. (2021). ImageJ Ops [Software]. https://imagej.net/Ops.

Citable software

The following table lists all citable software packages, plugins, etc., documented on the site. To add a tool to this list, add the doi: for its publication to the tool’s wiki page.

Project	Publication(s) to cite
Bio-Formats	doi:10.1083/jcb.201004104
Flavors of ImageJ	doi:10.1002/mrd.22489
IJ-OpenCV	doi:10.1016/j.compbiomed.2017.03.027
ImageJ Ops	Rueden, C., Dietz, C., Horn, M., Schindelin, J., Northan, B., Berthold, M. & Eliceiri, K. (2021). ImageJ Ops [Software]. https://imagej.net/Ops.
ImgLib2	doi:10.1093/bioinformatics/bts543
SCIFIO	doi:10.1186/s12859-016-1383-0
SciJava	Rueden, C., Schindelin, J., Hiner, M. & Eliceiri, K. (2021). SciJava Common [Software]. https://scijava.org/.
TensorFlow	doi:10.5281/zenodo.4724125
Guillaume Jacquemet	doi:10.1083/jcb.201704045
3D ImageJ Suite	doi:10.1093/bioinformatics/btt276
3D Viewer	doi:10.1186/1471-2105-11-274
3Dscript	doi:10.1038/s41592-019-0359-1
AccPbFRET	doi:10.1186/1471-2105-9-346
ActionBar	doi:10.6084/m9.figshare.3397603
ActogramJ	doi:10.1177/0748730411414264
AdipoQ	doi:10.1091/mbc.E21-11-0592
ALPACA	doi:10.1038/s41431-021-00907-9
AnalyzeSkeleton	doi:10.1002/jemt.20829
Anisotropic Diffusion 2D	doi:10.1109/TPAMI.2005.87
Atlas Toolkit	doi:10.1038/srep20732
AxoNet	doi:10.48550/arXiv.1908.02919
Balloon segmentation	doi:10.1038/nmeth.1940
BAR	doi:10.5281/zenodo.28838
BigDataViewer	doi:10.1038/nmeth.3392
BigWarp	doi:10.1109/ISBI.2016.7493463
Bleach Correction	doi:10.12688/f1000research.27171.1
BoneJ	doi:10.12688/wellcomeopenres.16619.2
BoneJ1	doi:10.1016/j.bone.2010.08.023
CiliaQ	doi:10.1140/epje/s10189-021-00031-y
ClearVolume	doi:10.1038/nmeth.3372
ColonyArea	doi:10.1371/journal.pone.0092444
Distortion Correction	doi:10.1016/j.jsb.2010.04.012
DS4H Image Alignment	doi:10.3389/fimmu.2019.02353
Ellipse split	doi:10.5281/zenodo.834339
Fast4DReg	doi:10.1088/1361-6463/ab0261
FigureJ	doi:10.1111/jmi.12069
Fiji Z-Spacing Correction	doi:10.1109/ISBI.2015.7163922
FijiWings	doi:10.1534/g3.113.006676
FiloQuant	doi:10.1083/jcb.201704045
FLIMJ	doi:10.1371/journal.pone.0238327
Frangi	doi:10.1007/BFb0056195
FreQ	doi:10.1016/j.xpro.2022.101542
Glasbey	doi:10.1002/col.20327
Granulometric Filtering	doi:10.1016/j.jneumeth.2005.07.011
IJ Blob	doi:10.5334/jors.ae
Image Stitching	doi:10.1093/bioinformatics/btp184
IsletJ	doi:10.3727/096368916X692005
Iterative Deconvolve 3D	doi:10.2514/6.2005-2961
JaCoP	doi:10.1111/j.1365-2818.2006.01706.x
Labkit - Intuitive Pixel Classification in Fiji	doi:10.3389/fcomp.2022.777728
LimeSeg	doi:10.1186/s12859-018-2471-0
Linear Stack Alignment with SIFT	doi:10.1023/B:VISI.0000029664.99615.94
Low Light Tracking Tool	doi:10.1364/OE.22.000210
LungJ	doi:10.5258/SOTON/401280
Getting started with MaMuT	doi:10.7554/eLife.34410
MaMuT	doi:10.7554/eLife.34410
Microscope Focus Quality	doi:10.1186/s12859-018-2087-4
MiToBo	doi:10.5334/jors.103
ModularImageAnalysis (MIA)	doi:10.5281/zenodo.1201320
MorphoLibJ	doi:10.1093/bioinformatics/btw413
MotiQ	doi:10.1091/mbc.E21-11-0585
Moving Least Squares	doi:10.1145/1179352.1141920
MTrack	doi:10.1038/s41598-018-37767-1
Multifrac	doi:10.1016/j.softx.2020.100574
NeuronDetector	doi:10.5281/zenodo.1400718
Non Local Means Denoise	doi:10.5201/ipol.2011.bcm_nlm doi:10.1109/ISBI.2008.4541250
Pendent Drop	doi:10.5334/jors.97
PhotoBend	doi:10.1039/C7SC04863G
PixFRET	doi:10.1002/jemt.20215
QuickFigures	doi:10.1371/journal.pone.0240280
QuickPALM	doi:10.1038/nmeth0510-339
RETINA Analysis Toolkit	doi:10.1167/iovs.15-17599
Ridge Detection	doi:10.5281/zenodo.845874
RiFRET	doi:10.1038/s41598-023-30098-w doi:10.1002/cyto.a.20747
SampEn2D	doi:10.1088/2057-1976/2/4/045002 doi:10.1109/EMBC.2014.6944339
Shape Filter	doi:10.5334/jors.ae
SNT › Sholl Analysis	doi:10.1038/nmeth.3125
Sigma Filter	doi:10.1016/0734-189X(83)90047-6
Skeletonize3D	doi:10.1002/jemt.20829
SME Projection	doi:10.1038/ncomms15554
SNT	doi:10.1038/s41592-021-01105-7
SNT › Machine Learning	doi:10.3389/fcomp.2022.777728 doi:10.1093/bioinformatics/btx180
SNT › Modeling	doi:10.1038/s41592-021-01105-7 doi:10.3389/neuro.10.025.2009
SpermQ	doi:10.3390/cells8010010
Spot Spine	doi:10.12688/f1000research.146327.1
Sprout Morphology	doi:10.1186/s41232-016-0033-2
StarDist	doi:10.1007/978-3-030-00934-2_30
Statistical Region Merging	doi:10.1109/TPAMI.2004.110
StereoMate	doi:10.1101/648337
Stitching 2D/3D	doi:10.1093/bioinformatics/btp184
Stochastic Denoise	doi:10.5244/C.23.117
SNT › Strahler Analysis (From Images)	doi:10.1038/s41592-021-01105-7
TrackMate Actions	doi:10.1101/2021.09.03.458852
TrackMate-ExTrack	doi:10.1083/jcb.202208059
TrackMate DoG detector	doi:10.1101/2021.09.03.458852
Extending TrackMate	doi:10.1101/2021.09.03.458852
TrackMate	doi:10.1101/2021.09.03.458852
Using TrackMate from MATLAB	doi:10.1101/2021.09.03.458852
TrackMate Accuracy	doi:10.1101/2021.09.03.458852
Manual editing of tracks using TrackMate	doi:10.1101/2021.09.03.458852
Manual tracking with TrackMate	doi:10.1101/2021.09.03.458852
Shortcuts for editing and navigating the main view of TrackMate	doi:10.1101/2021.09.03.458852
TrakEM2	doi:10.1371/journal.pone.0038011
Tubeness	doi:10.1016/s1361-8415(98)80009-1
Trainable Weka Segmentation	doi:10.1093/bioinformatics/btx180
Large-scale cell tracking under segmentation uncertainty	doi:10.48550/arXiv.2308.04526
VTEA › Volumetric Tissue Exploration and Analysis	doi:10.1681/ASN.2016091027
Zellige	doi:10.1101/2022.04.05.485876
MATLAB Scripting	doi:10.1093/bioinformatics/btw681
PyImageJ	doi:10.1038/s41592-022-01655-4
Alida	doi:10.5334/jors.124
Bio7	doi:10.18637/jss.v049.i04
BioImageXD	doi:10.1038/nmeth.2047
CellProfiler	doi:10.1186/gb-2006-7-10-r100 doi:10.1093/bioinformatics/btr095 doi:10.1371/journal.pbio.2005970
Endrov	doi:10.1038/nmeth.2478
Fiji	doi:10.1038/nmeth.2019
FunImageJ	doi:10.1093/bioinformatics/btx710
Icy	doi:10.1038/nmeth.2075
ImageJ	doi:10.1038/nmeth.2089
ImageJ2	doi:10.1186/s12859-017-1934-z
ImagePy	doi:10.1093/bioinformatics/bty313
ImJoy	doi:10.1038/s41592-019-0627-0
ITK	doi:10.3233/978-1-60750-929-5-586
KNIME Analytics Platform	doi:10.3389/fcomp.2020.00008 doi:10.1016/j.jbiotec.2017.07.028 doi:10.1007/978-3-319-28549-8_7 doi:10.1007/978-3-540-78246-9_38
MBF Plugin Collection	doi:10.2144/000112517
Micro-Manager	doi:10.1002/0471142727.mb1420s92
napari	doi:10.5281/zenodo.3555620
NIH Image	doi:10.1038/nmeth.2089
OMERO	doi:10.1038/nmeth.1896 doi:10.1016/j.ymeth.2015.10.006 doi:10.1007/s00335-015-9587-6
OpenSPIM	doi:10.1038/nmeth.2507
QuPath	doi:10.1038/s41598-017-17204-5
Virtual Cell	doi:10.1016/S0167-7799(01)01740-1
VisBio	doi:10.1111/j.1600-0854.2004.00189.x

ImageJ Docs

Page contents

Citing

Guidelines

ImageJ and variants

Supporting libraries

Citable software

See also